L'Inquisition fut créée au 13e siècle, pour lutter contre l'hérésie cathare. Par la suite elle devait généraliser son action à tout schisme et surtout aux deux autres religions issues du Judaïsme. Mais seule l'Inquisition espagnol fut une véritable inquisition d'état, d'abord destinée aux Juifs, puis aux nouveaux chrétiens, en les persécutant secondairement au Portugal, puis dans le nouveau monde.
L'obligation dans un premier temps de se convertir, puis la suspicion systématique des nouveaux chrétiens, en firent un instrument très perfectionné, qui eut un effet auquel on ne s'attendait pas : dissémination dans le monde entier des juifs séfarades (ou espagnols), puis des nouveaux chrétiens. Ces derniers, n'ayant souvent qu'une foi juive atténuée, et influencés par leur éducation chrétienne, allaient devenir des entre-deux, ou Marranes, remarquables par leur ouverture d'esprit.
Ces Séfarades et surtout ces Marranes, souvent érudits, toujours instruits, influencés à la fois par l'extraordinaire civilisation musulmane des cinq premiers siècles de l'Hégire, puis par le christianisme, apportèrent dans tous les pays d'accueil, leurs bienfaits. Cette histoire devait engendrer et expliquer le plus grand philosophe moderne, Spinoza, qui laisse des traces partout, et en France en particulier (Bordeaux, le sud-ouest).