Henri III fut de son vivant un souverain très impopulaire parce qu'il ne correspondait pas à l'idée du roi de France telle que ses sujets la concevaient. Il ne combattait pas en personne à la tête de ses troupes ; on l'imaginait donc comme un prince pusillanime. Il donnait la préférence aux activités intellectuelles sur les exercices physiques ; on en concluait qu'il voulait mener une existence molle et efféminée, d'autant que son extrême propreté corporelle étonnait et scandalisait.
Il entretenait à grands frais une cour brillante et faisait peser une fiscalité écrasante sur les contribuables ; pour ses contemporains le produit des impôts était tout simplement destiné à remplir les poches de ses favoris, les mignons. Enfin, plus dévot que le plus austère des capucins, il multipliait pèlerinages et pratiques pénitentielles pour obtenir un fils et le salut du royaume ; ce n'était là, croyait-on, que pure hypocrisie.
Pour l'historien, Henri III fut un prince épris de paix, soucieux d'épargner à son peuple les horreurs de la guerre civile. Les fêtes de cour, ballets et mascarades, devaient réconcilier catholiques et protestants et, dans une optique néoplatonicienne, rétablir l'harmonie détruite par les troubles. Il fut aussi un souverain réformateur, désireux de remédier aux abus et aux dysfonctionnements de l'Etat et de l'Eglise ; malheureusement la grande ordonnance réformatrice de Blois (1579) n'a jamais pu être appliquée.
Enfin, doté d'une réelle intelligence politique, Henri III définit très clairement les conditions nécessaires à l'extinction des guerres de Religion : donner un statut aux huguenots (l'édit de Poitiers, modèle de l'édit de Nantes, y pourvut dès 1577), reconnaître comme héritier légitime le protestant Henri de Navarre, son cousin au 22e degré, et convaincre celui-ci de rejoindre le catholicisme pour pouvoir régner légitimement sur la France (il ne le fera qu'en 1593).
Agrégé d'histoire, maître de conférences honoraire des universités, Michel Pernot a consacré l'essentiel de ses travaux au passé religieux de la Lorraine. Il s'est efforcé également, par exemple en publiant La Fronde (éditions de Fallois 1994), de mettre à la disposition du public des synthèses claires et bien documentées sur les années troublées qui, en France, occupent la période 1560-1660.